外国投资者进入日本市场从事商业活动，可以运用七种不同的法律组织形式：
1. 外国公司在日本注册驻在员办事处（常驻机构）；
2. 外国公司在日本注册分公司；
3. 将外国公司的日本分公司升格为日本公司；
4. 直接在日本注册公司；
5. 和日本的投资者共同出资注册的公司；
6. 向现存的日本公司投资。

一．外国公司在日本注册驻在员办事处（常驻机构）

    根据日本商法规定，外国公司在日本注册的驻在员办事处无需向法务局登记，在税法上也不成为法人税的征税对象。
    外国公司在日本注册驻在员办事处时，除了经营银行业、证券业的外国法人在日本注册办事处，一般不要求取得任何许可批准手续，但其可进行的活动范围会受到限制。该驻在员办事处在日本国内的活动，仅限于为所属的外国公司够入资产并予以保管，为其作广告宣传、提供信息、搞市场调查等，其工作内容只是为外国公司的业务开展进行辅助性活动，不成为法人税的征税对象。像这样的办事处，由于其活动受到限制，一般是为将来升格为外国公司在日本的分公司、子公司，或者单纯为进行市场调查而注册的。驻在员办事处的注册和运营所必要的人工费、管理费的资金可以自由地从外国汇入，不受制约。
    如前所述，注册驻在员办事处无需登记也无需纳税，但不得进行营业活动。日本的税法和有关回避双重征税的诸多租税条约规定，外国公司在日本国内若无恒久设施的，则不成为征税的对象。驻在员办事处如仅是进行为外国公司购入资产等辅助兴活动，则不被认为是恒久的设施，即便是签署了有关的购销合同也不征收法人税。但是，如果驻在员办事处或其办事员经常为外国公司的营业目的进行贸易洽谈或接受订货等活动，那么在这种情况下，即使合同的签订及货款的结算最终是由在日本国外的公司进行的，该驻在员办事处或办事员也会被认定是外国公司的代理人，其进行营业活动的所得，成为法人税的征税对象。

二．外国公司在日本注册分公司

    外国公司可以在日本注册分公司，外国公司的在日分公司不具有法人资格。
    外国投资者以注册分公司等形式开展对日投资时，根据日本外汇管理法规定应履行向有关国家主管机关作事前申报或事后汇报的义务。具体内容和方法将在本章的第三节作综合介绍。
    日本商法规定，外国公司在日本设置分公司时，应到所在地的地方法务局登记分公司的代表人的情况（该代表人必须为日本的居住者，所谓居住者是指在日本合法居住６个月以上、有固定住所者，因此可以是日本人，也可以是符合条件的外国人）及分公司的营业地址。
    日本税法规定，对外国公司的在日分公司，与日本国内的法人同样征收法人税。因此，必须向税务当局提交有关纳税的各种申报书、申请书。外国公司的日本分公司和外国的总公司之间流动资金的汇款原则上没有限制性规定，也不征收所得税。
     外国公司在日本的派出机构、驻在员办事处，不属于分公司。

三．将外国公司的日本分公司升格为日本公司

    日本的商法规定不允许外国公司将其在日本的分公司直接进行组织变更成为日本公司，但是外国公司可以通过日本分公司出资的方式重新在日本注册新的法人，或者直接由该外国母公司通过现金出资在日本注册新法人，而后再将分公司的业务和财产转让给新注册的法人，这在法律上是可能的。
    在转让收益性高或其本身含有利益的分公司的营业财产时，对转让收益要予以征税，而根据变相现金出资的方法，将外国公司的日本分公司升格为日本法人，则有可能避免征税的发生。所谓变相现金出资，是指外国公司首先直接或通过日本的分公司根据现金出资的方法重新注册新的法人，而后将日本分公司的资产转让给新设的公司。此时应满足下列条件：
（1） 母公司拥有100%新设公司的股份或出资金额。
（2） 该资产的转让为事先所定，并且该转让是在新公司注册后及时且是一次性进行的。
（3） 新设公司接受转让的资产，为低于分公司转让之前帐面价格的净资产金额。

四．直接在日本注册公司

外国投资者如需要在日本注册具有日本法人资格的公司，则可以考虑以下4种形式：
（1） 和名公司（partnership company）。
（2） 合资公司 (limited partnership company)。
（3） 有限责任公司 (limited liability company)。
（4） 股份有限公司 (joint-stock company)。
    根据日本商法规定，合名公司的全体成员对公司的债务承担无限连带责任。所谓无限责任是指每一个公司成员对公司的债务不仅以自己的出资，而且必须用自己的个人财产承担责任。而与此相对的有限责任是指出资者仅以自己的出资为限对公司的债务负责。合资公司是无限责任成员和有限责任成员之间共同地以营利经营为目的注册的公司。注册合名公司或合资公司的手续相当简单，它是由自愿成为公司成员的两名以上者制作章程，并进行注册登记即可。因法人不能成为无限责任公司的成员，所以外国投资者是法人的情况下，不在日本注册合名公司或合资公司。
    有限公司是根据有限公司法注册的以营利为目的的法人，由有限责任成员构成。职员和出资者的人数的最上限为50人。由于有限公司的注册手续简单，对董事人数和内部监事的规定也较为宽松，因此比较适合于中小型公司。
    外国投资者在日本注册公司时最为常用的公司形式为兼有“股东的有限责任制度”与“使多数出资者出资”优点的股份有限责任公司。股份有限责任公司注册的手续、财会处理、监事活动必须根据商法的规定予以进行。根据商法的规定，股份有限责任公司的注册资金为1000万日元以上，并且注册资本金的25%以上在注册时必须已发行或认购。
    股份有限责任公司的注册手续，原则上可委托任何人进行，但考虑到期间要涉及许多专业问题，故一般可委托专业的会计师机构、律师事务所或是专业的代理服务公司。正羽亦可为您在日本投资注册公司提供咨询与帮助。
    注册股份有限公司的具体手续是首先由1人以上的发起人制作公司的章程，该章程必须经过公证人的认证，而后由发起人承诺接受股份，并将该股份的支付金额汇入金融机构，这种公司成立的方法叫发起人注册。除此之外还可采用股东募集注册的方法即招募发起人以外的人参加投资，成为该公司的股东。在注册手续中，发起人必须是日本的居住者，为满足这一条件，外国投资者可以委托日本的律师或会计师作为发起人的代理人操办公司注册手续。各个发起人必须承诺1股以上的股份，但在公司注册后可以将股份转让于他人。公司的董事、监事由发起人（募集注册时为创立大会）选任，董事中必须至少有1人为长期日本居住者。法人代表或其代理人在公司的注册登记完毕后，便可以正式经营了。